Akademiliv

Sahlgrenska akademins nyheter

In English
Göteborgs universitets logotyp
  • Nyheter
  • Notiser
  • Kalendarium
  • Bidrag
  • Om Akademiliv
Kerryn Elliott vid den UV-ljuskälla som används för metoden. Foto: Erik Larsson Lekholm.

Ny metod sprider ljus över samspel mellan proteiner och DNA

29 maj, 2023 1 kommentar

NY STUDIE. En forskargrupp vid Göteborgs universitet har utvecklat en metod som gör det möjligt att se exakt var i genomet särskilda protein binder in. Metoden bygger på att proteiner kan påverka hur UV-ljus skadar DNA.

Metoden publiceras i tidskriften Nature Communications. Kerryn Elliott, medarbetare i Erik Larsson Lekholms grupp, är försteförfattare:

– Metod tillåter oss att förutsättningslöst kartlägga avtrycket av flera proteiner samtidigt. Den fångar interaktionen mellan proteiner och DNA i det ögonblick som UV-ljuset träffar det, säger Kerryn Elliott, som är forskare på Avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi vid Institutionen för biomedicin.

Tydliga inbindningsprofiler

Labbets instrument för UV-ljus. Foto: Kerryn Elliott.

Gruppen utvecklade metoden delvis för att kunna studera varför mutationer ofta uppstår i promotorer i malignt melanom. Promotorer är sekvenser av baspar framför en gen som binder in olika proteiner för att reglera genens uttryck. Forskarna upptäckte att vissa proteiner har förmåga att kraftigt öka DNA-skadan från UV-ljus där de binder till genomet. Detta fenomen förklarar varför upprepade mutationer uppstår i promotorer i hudcancer, och talar emot att dessa bidragit till utvecklingen av cancersjukdomen. Metoden har för första gången möjliggjort noggranna mätningar av UV-skada i DNA på baspars-nivå, och kan också användas för att studera var i genomet som proteiner binder in.

– Vi får tydliga inbindningsprofiler för flera transkriptionsfaktorer. Vi kunde till och med träna en beräkningsmodell som kan förutsäga om en given sekvens är bunden eller inte baserat på dess signatur för UV-skada, vilket jag tycker är ganska coolt, säger Kerryn Elliott.

Parallellpublicering

Kerryn Elliott arbetar med DNA-extraktion i labbet.

Metoden, kallad Capture CPD-seq, innebär att en metod som kallas CPD-seq kombineras med en infångning (capture) av specifika promotorsekvenser, vilket möjliggör kvantitativa analyser av UV-skador för individuella baspar. Detta följs sedan av nästa generations sekvensering vid Clinical Genomics Gothenburg Core Facility. Den nya metoden innebär att mönster av UV-skador i DNA som binder till proteiner inuti celler kan jämföras med proteinfritt DNA. På så vis skapas ett slags fingeravtryck av UV-skador.

Förhoppningen är att metoden också ska kunna användas för att kartlägga olika DNA-strukturer och andra intressanta platser i genomet som har visat sig vara svåra att analysera i celler.

Först med att använda CPD-seq-metoden med UV-ljus var en forskargrupp vid Washington State University, som använde metoden för att studera UV-skador i jäst. Erik Larsson Lekholms grupp har anpassat denna för användning i mänskliga celler. Förra året insåg grupperna att de båda arbetade på liknande Capture CPD-seq-projekt, och de båda grupperna har därför skrivit två artiklar för Nature Communications, som publicerades samtidigt.

– Inom en snar framtid hoppas vi kunna använda den här principen för att profilera kompletta genom. Detta kan vara möjligtvis exempelvis i jäst, som har mycket mindre kromosomer än mänskliga celler, avslutar Kerryn Elliot.

Titel: Base-resolution UV footprinting by sequencing reveals distinctive damage signatures for DNA-binding proteins; Nature Communications, https://doi.org/10.1038/s41467-023-38266-2

AV: ELIN LINDSTRÖM

Kerryn Elliott bakar ”Science Cakes” för att fira labbets framgångar. Här ses tårtan för denna publicering, där tårtdekorationen visar ökningen av datapunkter för den nya metoden jämfört med den genomvida metod som vanligtvis används. Foto: Kerryn Elliott.

Av: Elin Lindström
Taggat med: avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi, Cancerforskning, cellbiologi, forskningsmetoder, institutionen för biomedicin, Ny studie, tidskriften Nature Communications, vetenskaplig publicering

Kommentarer

  1. Kerstin Lekholm skriver

    30 maj, 2023 vid 10:27

    Grattis till så intressant arbete!

    Svara

Skriv en kommentar Avbryt svar

Din e-postadress kommer inte publiceras. Obligatoriska fält är märkta *

Lägg in dina egna arrangemang i Akademilivs kalendarium

Exjobbs- och kandidatarbetesmässa inom hälsa och teknik

Handledare registrerar projekt senast 4 oktober, via den här länken.

Information from Sahlgrenska Academy Research Support Office

[UPDATED SEPTEMBER 20]
The Sahlgrenska Academy Research Support Office provides an overview of upcoming and current calls, nominations and events in an information letter. This letter is updated approximately four times per semester.

’20 minuter för forskare’ är tillbaka – här kan du se hela höstens program

Under 20 minuter över Zoom tipsar Biomedicinska biblioteket om verktyg och tjänster som kan underlätta din forskarvardag.

Vi bygger på Medicinareberget

Nu hittar du samlad information om byggprojekt som påverkar Sahlgrenska akademin i Medarbetarportalen.

 

Här finns aktuell information om ALF i Västra Götaland

Fler nyheter

Höstens ALF-utlysningar 2023 har publicerats

25 september, 2023

BIDRAG. Utlysningen av ALF-tjänster för legitimerade läkare har nu publicerats på ALF-portalen. Ansökningsperioden är 19 oktober till 7 december, … [Read More...]

Utbildningsadministratör – och extremcyklist

21 september, 2023

LIVSSTIL. Hettan i Mojaveöknen blev nästan slutet för hans solo-resa på cykel från Los Angeles till New York i somras. USA-resan är bara det senas … [Read More...]

Till minne av Hanns-Ulrich Marschall

21 september, 2023

Han hade en unik förmåga att skapa möten med människor och samarbeten med andra forskare. Hanns-Ulrich Marschall föddes 1954 in Ibbenbüren, Tyskl … [Read More...]

Lägre risk för blodcancer efter fetmakirurgi

20 september, 2023

NY STUDIE. Kirurgi mot fetma är förknippat med en 40-procentigt lägre risk för blodcancer. Det visar en studie vid Göteborgs universitet. Den tydl … [Read More...]

Fetma drabbar extra hårt vid bipolär sjukdom

20 september, 2023

NY STUDIE. Fetmaepidemin slår extra hårt mot personer med bipolär sjukdom. Det visar en studie vid Göteborgs universitet. Resultaten tyder på att … [Read More...]

Malin Broberg installerad som rektor

19 september, 2023

REKTOR. Fredag 15 september installerades Malin Broberg som Göteborgs universitets tjugonde rektor. – Det är ingen slump att jag står här idag. D … [Read More...]

Ny kanslichef på fakulteten: Annelie Tobin

18 september, 2023

LEDNINGSUPPDRAG. Med tjugo års erfarenhet inom framför allt utbildning och internationalisering på Sahlgrenska akademin har nu Annelie Tobin ta … [Read More...]

Pandemin en tuff tid även på apoteken

15 september, 2023

NY STUDIE. Kunder som dök upp fast de var sjuka, som inte accepterade restriktionerna, och många nya arbetsuppgifter för personalen. Det är fak … [Read More...]

Axel Wolf är ny föreståndare för Centrum för personcentrerad vård

14 september, 2023

UPPDRAG. Axel Wolf, professor vid Institutionen för vårdvetenskap och hälsa, har nu tagit över som föreståndare för Centrum för personcentrerad vå … [Read More...]

Två utlysningar aktuella för DDLS Fellows vid Göteborgs universitet

12 september, 2023

TJÄNSTER. Göteborgs universitet har två aktuella utlysta tjänster inom SciLifeLab & Wallenberg National Program for Data-Driven Life Science ( … [Read More...]

Fler nyheter…

Sahlgrenska akademin

© Göteborgs universitet
Box 100, 405 30 Göteborg
Telefon: 031 786 0000

Om webbplatsen

Elin Lindström är redaktör för Akademiliv.
Har du idéer eller synpunkter mejla till akademiliv@gu.se

Anmäl dig till Akademilivs nyhetsbrev:

Tipsa Akademiliv

Har du förslag på en nyhet eller känner till något intressant bidrag/seminarium/utbildning?
Skicka ett mejl till Elin Lindström Claessen

www.watchfreesocceronline.com replik klockor