Akademiliv

Sahlgrenska akademins nyheter

In English
Göteborgs universitets logotyp
  • Nyheter
  • Notiser
  • Kalendarium
  • Bidrag
  • Om Akademiliv
Bioinformatiker Björn Andersson och enhetschef Marcela Dávila vid Bioinformatics and Data Centre (BDC). Foto: Charbel Sader.

Nytt Machine learning-verktyg framtaget för snabb upptäckt av biomarkörer från strålbehandling

4 maj, 2023 Kommentera

CORE FACILITIES. Flera veckors sökande efter biomarkörer i cancerprover har nu kortats ner till sekunders eller på sin höjd minuters arbete. Genom ett samarbetsprojekt mellan Bioinformatics and Data Centre (BDC) och Britta Langens vid Sahlgrenska Cancer Center, har ett machine learning-program utvecklats som bland annat kan visa effekter av strålbehandling på olika vävnader samt ge indikation på om stråldoser behöver justeras.

– Att identifiera biomarkörer för strålningsdosimetri med hjälp av maskininlärning är ett relativt nytt sätt att arbeta med inom cancerbehandling, vilket tidigare varit ett manuell och tidskrävande metod som också kan påverkas av den mänskliga faktorn. Genom försök på mus och råtta har dessutom Britta Langens en mycket stor mängd data där olika typer av strålning utförts på vävnader så som njure, lever och lungor. För att få en ännu mer effektiv och säker analysmetod vände de sig till oss, säger Björn Andersson som är bioinformatiker och den som utvecklat programmet.

Foto: Charbel Sader.

Optimera Algoritmer

Genom att anpassa och optimera algoritmer i programmeringsspråket R, har verktyget skräddarsytts för att snabbt kunna köra igenom de upp emot 10 000 gener som kan finnas i ett enda prov. Men verktyget kan också med enkelhet läras om för att och kunna analysera andra typer av expressionsdata, exempelvis från proteiner.

Björn Andersson

– De vinster vi får rent metodologiskt blir att vi dels inte behöver leta manuellt efter biomarkörer en gen åt gången, vilket sparar mycket tid. Dessutom kan vi minska eller i många fall eliminera den mänskliga faktorn eftersom dataanalysen blir automatiskt reproducerbar och enkelt kan verifieras, vilket ger säkrare data utan risk för mänskliga feltolkningar eller missar, säger Björn.

Patientnytta största vinsten

I slutändan är de största vinsterna de som kommer patienterna till gagn. 

– Genom snabb och säker analys av data kan patienter följas genom strålbehandlingen på ett helt nytt sätt där optimal och individanpassad cancerbehandling är målet, säger Björn som också lyfter fram framtida möjligheter så som ett webbaserat verktyg där data kan laddas upp och enkelt analyseras utifrån olika behov och prover.

Projektet finansierades av SFF Stiftelsen för strategisk forskning.

Titel: Development of a machine learning framework for radiation biomarker discovery and absorbed dose prediction; Frontiers in Oncology.

AV: CHARBEL SADER

Av: Elin Lindström
Taggat med: Artificiell intelligens (AI), bioinformatik, biomarkörer, Core Facilities, forskningssamarbete, maskininlärning, Ny studie, strålbehandling, tidskriften Frontiers in Oncology, vetenskaplig publicering

Skriv en kommentar Avbryt svar

Din e-postadress kommer inte publiceras. Obligatoriska fält är märkta *

Lägg in dina egna arrangemang i Akademilivs kalendarium

Johan Reutfors: Risk factors and consequences in difficult-to-treat depression – results from Swedish registry studies

Hybrid meeting – in Assembly Room Birgit Thilander (NOTE the venue!) or online via Zoom.

  • Hybrid webinar 15:00-16:00, Thursday June 8th.
  • Link to Zoom webinar.
  • Sahlgrenska Academy Science Seminars – see full program in the Staff Portal.

Information from Sahlgrenska Academy Research Support Office

[UPDATED MAY 23]
The Sahlgrenska Academy Research Support Office provides an overview of upcoming and current calls, nominations and events in an information letter. This letter is updated approximately four times per semester.

’20 minuter för forskare’ är tillbaka – här kan du se hela vårens program

Under 20 minuter över Zoom tipsar Biomedicinska biblioteket om verktyg och tjänster som kan underlätta din forskarvardag.

Akademistatistik hjälper dig med statistiken

Akademistatistik erbjuder statistisk och hälsoekonomisk expertis till forskare och doktorander som arbetar vid Sahlgrenska akademin och i Västra Götalandsregionen. Här får du råd inom alla aspekter, från projektformulering till de analyser som krävs för tidskriftspublicering.

  • Om du vill boka tid, använd deras onlinebokningssystem.
  • Mer information om Akademistatistik finns på deras hemsida.

Vi bygger på Medicinareberget

Nu hittar du samlad information om byggprojekt som påverkar Sahlgrenska akademin i Medarbetarportalen.

 

Här finns aktuell information om ALF i Västra Götaland

Veckans lunchmenyer

Café Anatomen
Matsedel ej tillgänglig på hemsidan.

Café Annedal
Matsedel ej tillgänglig på hemsidan.

Lunchen.nu

Lustgården på Änggårdsbacken
Avhämtning för externa gäster mellan 11.00-12.30 vardagar.

Lyktan

Mersmak Mölndal

Mersmak Sahlgrenska

Mersmak Östra

Salt & Syra

Fler nyheter

Så påverkar klimatförändringarna vår hälsa – se filmad föreläsning

2 juni, 2023

SAMVERKAN. Fler fall av astma och hjärt-kärlsjukdomar, en värre situation för pollenallergiker och fler som dör i värmeböljor. Det är några hälsok … [Read More...]

Fin utmärkelse till forskning inom reumatologi

2 juni, 2023

UTMÄRKELSE. Avdelningen för reumatologi och inflammationsforskning vid Institutionen för medicin har utsetts till EULAR Centre of Excellence in Rh … [Read More...]

Två topprankade anslag till Joan Camuñas-Solers forskningsgrupp

1 juni, 2023

BIDRAG. Joan Camuñas-Soler fick tidigare i våras Swedish Foundations’ Starting Grant, riktat till projekt som fått A-betyg i European Research Cou … [Read More...]

Fem frågor till Cecilia Engström om hennes STINT-utbyte i Hongkong

1 juni, 2023

LÄRARE. Cecilia Engström  kom nyligen hem från ett fyra månader långt lärarutbyte i Hongkong, finansierat av STINT. Hon är adjungerad univers … [Read More...]

Apotekarprogrammet fördjupar samarbete med AstraZeneca

1 juni, 2023

UTBILDNING. Med examen från apotekarprogrammet är studenterna som klippta och skurna för att arbeta med forskning och läkemedelsutveckling. Pro … [Read More...]

Onyttig mat dominerade matbutikers reklamblad

31 maj, 2023

NY STUDIE. Det var ohälsosam mat som dominerade i mataffärernas veckoblad. Hela två tredjedelar av utrymmet upptogs av detta. Det framgår av en st … [Read More...]

Magnus Gisslén blir statsepidemiolog

30 maj, 2023

NYTT JOBB. Magnus Gisslén, professor i infektionssjukdomar vid Göteborgs universitet, blir ny statsepidemiolog vid Folkhälsomyndigheten. Han ti … [Read More...]

Blodprov kan visa hjärnpåverkan efter neurokirurgi

30 maj, 2023

NY STUDIE. Det går att bedöma hjärnpåverkan hos patienter som opererats för hjärntumör genom att mäta biomarkörer i blodet före och efter operatio … [Read More...]

Ny metod sprider ljus över samspel mellan proteiner och DNA

29 maj, 2023

NY STUDIE. En forskargrupp vid Göteborgs universitet har utvecklat en metod som gör det möjligt att se exakt var i genomet särskilda protein bin … [Read More...]

Grattis Kaj Blennow – högt rankad i världen inom neurovetenskap

29 maj, 2023

UTMÄRKELSE. Hallå där, Kaj Blennow, professor i klinisk neurokemi vid Göteborgs universitet, som rankas på plats 17 i världen av alla forskare ino … [Read More...]

Fler nyheter…

Sahlgrenska akademin

© Göteborgs universitet
Box 100, 405 30 Göteborg
Telefon: 031 786 0000

Om webbplatsen

Elin Lindström är redaktör för Akademiliv.
Har du idéer eller synpunkter mejla till akademiliv@gu.se

Anmäl dig till Akademilivs nyhetsbrev:

Tipsa Akademiliv

Har du förslag på en nyhet eller känner till något intressant bidrag/seminarium/utbildning?
Skicka ett mejl till Elin Lindström Claessen

www.watchfreesocceronline.com replik klockor