Akademiliv

Sahlgrenska akademins nyheter

Göteborgs universitets logotyp
  • Nyheter
  • Notiser
  • Bidrag
  • Om Akademiliv

Algoritm lär sig diagnostisera genetisk sjukdom

17 februari, 2020

STUDIE. Genom att träna en algoritm med hjälp av patientdata har nu forskare vid Göteborgs universitet, tillsammans med forskare från Portugal, hittat ett sätt att uppskatta sannolikheten för om en patient lider av en vanlig genetisk sjukdom eller inte.

Forskare inom fysik och medicin från Göteborgs universitet, och från Nova Medical School i Lissabon, har samarbetat för att hitta ett sätt att använda maskininlärning för att diagnostisera patienter med förhöjda kolesterolnivåer. Bland andra har Stefano Romeo, professor i molekylär och klinisk medicin, bidragit i arbetet.

Testat på vanlig sjukdom

Familial hypercholesterolemia (FH) är en vanlig genetisk sjukdom som drabbar en av 250 personer. Sjukdomen påverkar ämnesomsättningen och orsakar förhöjda kolesterolnivåer. För att få en helt säker diagnos krävs ett genetiskt test.

Dessa tester är emellertid bara tillgängliga på ett begränsat antal universitetssjukhus.

Alla andra sjukhus använder en metod som kallas Dutch lipid score, som baseras på en patients kliniska egenskaper och familjehistoria. Metoden uppskattar sannolikheten för att en patient lider av FH, snarare än att diagnostisera, och den är ett mer lättillgängligt, men mindre exakt, verktyg än ett genetiskt test.

Uppfunnit ny och mer tillförlitlig diagnosmetod

Nu har en tvärvetenskaplig grupp forskare från institutionen för fysik och avdelningen för molekylär och klinisk medicin vid Göteborgs universitet uppfunnit en alternativ metod.

–  Vi bestämde oss för att försöka använda maskininlärning för att förutsäga om en patient har den ärftliga genetiska sjukdomen, eller om deras symptom uppstått av orsaker relaterade till livsstil. För att göra detta använde vi tre olika typer av algoritmer: ett klassificeringsträd, en gradient boosting machine och ett neuralt nätverk. Vi fann att alla tre varianter gav bättre resultat än den traditionella Dutch lipid score, säger Saga Helgadottir, doktorand vid institutionen för fysik.

Använde data från patienter

Forskarna använde data från patienter i Göteborg för att träna algoritmerna. Hälften av datasetet användes för information, den andra hälften för att testa och se hur exakt algoritmerna kunde förutsäga om en patient led av FH eller inte.

För varje patient matades det in ett par grundläggande variabler, som alla sjukhus enkelt kunde få fram, som ålder och resultat från blodprov. Forskarna testade dessutom algoritmerna som tränats med Göteborgs-data på en annan uppsättning data från en liknande patientgrupp från Milano.

Resultaten visade att algoritmerna presterade mer exakt när de tränats med ”lokalt data”, men algoritmernas resultat överträffade fortfarande Dutch lipid score när de testade extern Milano-data.

–  Beroende på hur väl du tränar algoritmen blir testresultatet mer eller mindre exakt. Sjukhus runt om i världen skulle kunna välja mellan att träna algoritmen med egen patientdata och få ett mer exakt resultat, eller att använda en redan tränad algoritm och fortfarande få ett bättre resultat än i dagsläget, säger Saga Helgadottir.

Jämföra data en väg framåt

Framöver kan en potentiell väg att utforska vara att träna algoritmen med hjälp av en stor mängd data från patientgrupper i olika länder, och jämföra exaktheten i resultaten med den för en version som tränats med endast lokala data.

–  Möjligheten att testa den idén hänger på tillgången till sådana datamängder, säger Saga Helgadottir.

Resultaten av studien har  publicerats i European Journal of Prevensive Cardiology.

Samarbetande forskare i studien inkluderar Stefano Romeo, professor i molekylär och klinisk medicin vid Göteborgs universitet och specialistläkare i kardiologi vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset, Ana Pina, specialiserad läkare, datavetare och forskare vid Medir, Chronic Diseases Research Center, NovaMedical School och Giovanni Volpe, universitetslektor vid institutionen för fysik, Göteborgs universitet.

TEXT: CAROLINA SVENSSON

Av: Elin Lindström
Taggat med: Artificiell intelligens (AI), forskingssamarbete, institutionen för fysik, institutionen för medicin, Naturvetenskapliga fakulteten, Ny studie, tidskriften European Journal of Prevensive Cardiology, vetenskaplig publicering

GLAD SOMMAR!

Akademilivs nyhetsbrev är tillbaka onsdag 21 augusti.

Kontakta din institution för att lägga in din händelse i Medarbetarportalens kalendarium

  • Biomedicin: Kristian Kvint: kalender@biomedicine.gu.se
  • Core Facilities: Amelie Karlsson: amelie.karlsson.2@gu.se
  • Kliniska vetenskaper: Katarina Olinder Eriksson: klinvet@gu.se
  • Medicin: Nina Raun; kommunikation@medicine.gu.se
  • Neurovetenskap och fysiologi: Josefin Bergenholtz; kommunikation@neuro.gu.se
  • Odontologi: Johan Thompson; info@odontologi.gu.se
  • Sahlgrenska akademins kansli: och fakultetsgemensamma kalenderhändelser Åsa Ekvall; info@sahlgrenska.gu.se
  • Vårdvetenskap och hälsa: Karin Mossberg; vardvetenskap@fhs.gu.se

Information from Sahlgrenska Academy Research Support Office

[UPDATED JUNE 2024]
The Sahlgrenska Academy Research Support Office provides an overview of upcoming and current calls, nominations and events in an information letter. This letter is updated on a monthly basis.
Current and previous newsletters are also available in the Staff Portal.

’20 minuter för forskare’ är tillbaka – här kan du se hela vårens program

Under 20 minuter över Zoom tipsar Biomedicinska biblioteket om verktyg och tjänster som kan underlätta din forskarvardag.

Här finns aktuell information om ALF i Västra Götaland

Fler nyheter

Nyheter på sajten har inte uppdaterats sedan maj månad – utlysningar fortsätter samlas på akademiliv.se

13 juni, 2024

NYHETER. Efter den omfattande kraschen av Akademilivs sajt i maj månad har sajtens nyhetsdel inte uppdaterats. Sajten är nu uppe igen, och det f … [Read More...]

En personlig död – chans att vinna Björn Fagerbergs nya bok

27 maj, 2024

NY BOK. Under sitt liv som invärtesmedicinare har Björn Fagerberg varit med om många dödsfall som han alltid hanterat professionellt i sin yrk … [Read More...]

Alba Corell ger rapport från ett hjärntumörmöte på hög nivå 

20 maj, 2024

KRÖNIKA. Nyligen avslutades den Skandinaviska Neuro-onkologiska gruppens (SNOG) sammankomst i Göteborg. Professor Asgeir Jakola stod som värd och … [Read More...]

Gudmundur Johannsson prisad med europeisk medalj

20 maj, 2024

UTMÄRKELSE. Professor Gudmundur Johannsson fick nyligen ta emot 2024 års European Hormone Medal under mötet European Congress of Endocrinolgy i St … [Read More...]

Från Sydafrika till Sverige: forskningssamverkan för att förbättra gravida kvinnors hälsa

17 maj, 2024

GLOBAL HÄLSA. På det dynamiska universitetssjukhuset Tygerberg Hospital i Kapstaden arbetar ett hängivet forskarteam under ledning av Lina Be … [Read More...]

Sara Bjursten och Anna Wenger får Assar Gabrielssons pris 2024

17 maj, 2024

UTMÄRKELSE. Stiftelsen Assar Gabrielssons Fond har utsett Anna Wenger till pristagare i kategorin basvetenskaplig forskning och Sara Bjursten … [Read More...]

Hon gör residency i USA med läkarexamen från Göteborg

17 maj, 2024

STUDENT. Att få göra sin ”residency” inom ortopedi i USA är en ouppnåelig dröm för många nyutbildade amerikanska läkare. Nu har Janina Kaarre, med … [Read More...]

En heldag för doktorander med fokus på mental hälsa

16 maj, 2024

DOKTORAND. För sjätte gången har Sahlgrenska akademins doktorander bjudits in till PhD Day, organiserad av Doktorandrådet. Dagen gav bland annat k … [Read More...]

Kaj Blennow rankas högst i Sverige  inom neurovetenskap

16 maj, 2024

UTMÄRKELSE. I årets upplaga av forskarrankningen från Research.com inom ämnet neurovetenskap placeras Kaj Blennow på plats 17 på den inter … [Read More...]

Linda Wass gör postdok vid Stanford med ALF-medel

14 maj, 2024

ALF-MEDEL. Den biomedicinska analytikern Linda Wass har just installerat sig i Stanford i Kalifornien där hon ska göra en två år lång period som p … [Read More...]

Fler nyheter…

Sahlgrenska akademin

© Göteborgs universitet
Box 100, 405 30 Göteborg
Telefon: 031 786 0000

Om webbplatsen

Elin Lindström är redaktör för Akademiliv.
Har du idéer eller synpunkter mejla till akademiliv@gu.se

Anmäl dig till Akademilivs nyhetsbrev:

Tipsa Akademiliv

Har du förslag på en nyhet eller känner till något intressant bidrag/seminarium/utbildning?
Skicka ett mejl till Elin Lindström Claessen

www.watchfreesocceronline.com replik klockor