FORSKNINGENS FÖRUTSÄTTNINGAR. För genomik och protein finns databaser som gör det möjligt för forskare i hela världen att använda varandras data, och nu följer kolhydratforskningen efter. Forskare vid Sahlgrenska akademin har varit drivande i utvecklingen av en open access databas, som väntas få betydelse för utvecklingen av precisionsdiagnostik. Databasen presenteras i en publicering i Nature Communication.
Förutom forskarlaget vid Sahlgrenska akademin, under ledning av Niclas Karlsson, har forskare i USA, Japan och andra europeiska länder bidragit till utvecklingen av databasen, som kallas UniCarb-DR (http://www.unicarb-dr.org/).
Molekylära databaser av detta slag är en förutsättning för att dagens precisionsdiagnostik inom hälso- och sjukvård ska kunna utvecklas.
– Tack vare databasen kan nu alla forskargrupper som håller på med kolhydratforskning göra sin data tillgänglig. Detta har varit ett framgångsrecept för forskningen inom genomik och proteomik, men har hittills saknats inom kolhydratvärlden, säger Niclas Karlsson.
Egen forskning inom cancer och artros
Var och en av oss bär på uppemot fem kilo kolhydrater, framför allt i form av glyko-proteiner, som är den typ proteiner som det finns mest av i kroppens vävnader och vätskor. Dessa proteiner är en viktig byggsten i brosk och i alla skyddande slemlager.
Glycoproteinernas kolhydrater har beräknats bestå av miljontals olika komponenter och har visat sig förändras i samband med de flesta sjukdomar, bland annat cancer, HIV, alzheimer och artros men även vid lindrigare sjukdomar som förkylning och influensa.
– För att kunna särskilja olika mönster av förändringar vid olika sjukdomar måste forskarvärlden gå tillsammans och samla in kolhydratdata från olika sjukdomstillstånd. Sedan måste dessa göras åtkomliga för resten av forskarvärlden så att vi kan hitta kolhydratmönster för olika sjukdomar, säger Niclas Karlsson.
Utvecklingen av UniCarb-DR beskrivs i en artikel som nyligen publicerades i tidskriften Nature Communication: Rojas-Macias MA, et al. (2019) Towards a standardized bioinformatics infrastructure for N- and O-glycomics. Nat Commun 10(1):3275. https://www.nature.com/articles/s41467-019-11131-x
TEXT: ELIN LINDSTRÖM CLAESSEN
