Över 150 forskare och andra intresserade ville komma när Genomics Core Facility i förra veckan invigde sina nya instrument. Det stora intresset är kanske inte så konstigt: de nya instrumenten kan analysera hela genuppsättningar, ger mer data och är dessutom mycket snabbare.
Att analysera några utvalda gener kunde tidigare ta uppemot tre veckor, men de nya instrumenten kan sekvensera alla betydelsefulla gensekvenser i ett helt genom på en tredjedel av den tiden.
― När Human Genome Project kartlade det mänskliga genomet tog det 14 år för ett stort antal forskare i flera länder. Med våra nya instrument skulle vi kunna kartlägga alla gener hos en person på tio dagar, säger Christofer Flood, en av de forskare som ansvarar för den nya satsningen på Genomics.
Ny teknik
Det handlar om nästa generations sekvensering, dels genom ett större instrument som kallas Illumina HiScanSQ och ett mindre som heter MiSeq.
―Instrumenten ger utökade möjligheter för genetiska studier men våra befintliga instrument kommer fortfarande att användas. Det är till exempel bra att kunna upprepa och kontrollera resultaten från de nya maskinerna med hjälp av väletablerad teknik, säger forskaren Annica Wilzén, som också ansvarar för nästa generations sekvensering på Genomics.
Många användningsområden
Maskinerna har redan börjat användas: nyligen har en forskargrupp avslutat en körning där de jämfört DNA från en cancertumör med DNA ur samma patients blod.
―Olika tumörer kan ha många olika genetiska förändringar, och det kan vara avgörande för prognosen och vilken behandling som fungerar bäst, säger Annica Wilzén.
Det större instrumentet är särskilt intressant för grundforskare som nu mer förutsättningslöst kan analysera ett stort antal gener. Det mindre instrumentet klarar att köra ett patientprov över en dag, och kan därför vara till stor nytta inom klinisk forskning.
En stor investering
Genomics satsning på nästa generations sekvensering är en investering i mångmiljonklassen. Centret har dessutom investerat genom rekrytering av ytterligare Bioinformatiker för att kunna tolka och hantera de mängder data som instrumenten genererar.
― En körning på det större instrumentet genererar många terabyte data som analyseras och skalas ner så att det återstår ett fåtal gigabyte. Det ställer höga krav på både hårdvara och nätverk. Vi samarbetar med Chalmers för att klara den tekniska hanteringen av all data, säger Christofer Flood.
Mer detaljerad information hittar du på Genomics Core Facilitys hemsida: http://www.cf.gu.se/english/Genomics/
Kontakt:
Christofer Flood, telefon 031-786 3163, e-post christofer.flood@gu.se
Annica Wilzén, telefon 031-786 6582, e-post annica.wilzen@gu.se
